ЭМ-препарат, как и концентрат, следует хранить в темном месте при температуре от 5 до 15° С. Срок хранения концентрата - I год, ЭМ-препарата - 6 месяцев. Проверка качества препарата в домашних условиях проводится органолептически (по запаху). Если запах неприятен (выделение аммиака, сероводорода и пр.), препарат непригоден.
После того, как емкость открыта и в неё попал воздух, на поверхности может наблюдаться пленка или плесень - это дрожжи или грибы, которые не оказывают отрицательного влияния на качество препарата. Перед непосредственным использованием ЭМ-препарата, хранившегося в холоде, ему необходимо дать время согреться как минимум до 20° С.